Biogas nastaje mikrobiološkim procesom u anaerobnim uslovima (bez prisustva kiseonika). Anaerobne bakterije razgrađuju organsku materiju, a kao produkt ovog procesa nastaje biogas, toplota i ostatak fermentacije. Proces anaerobne razgradnje(fermentacije) široko je rasprostranjenu prirodi, gde god postoje anaerobni uslovi i anaerobne bakterijske vrste. Primeri su mulj u močvarama, dno mora i okeana, burag preživara, a proces se delimično odvija i prilikom skladištenja stajnjaka. Pod pojmom biogas podrazumeva se gas nastao u anaerobnim fermentorima i kontrolisanim uslovima,odnosno u biogasnim postrojenjima.